3D Slicer 4.10 分速チュートリアル

2021.02.15 GDEP Labs

今回は前回の「NVIDIA Claraの使い方」で登場したオープンソースのソフトウェアプラットフォーム「3D Slicer」について少し掘り下げてみたいと思います。

原文はこちらにあります。”秒速チュートリアル”・・・そんな簡単に使えるものか早速やってみます。

Sliser4 software と dataset

ダウンロードサイトは

http://download.slicer.org/

ここで使用する dataset は下記からダウンロードできるそうです。PDF とはちょっと説明が違います。

https://www.slicer.org/w/img_auth.php/c/c4/Slicer4minute.zip

きを取り直して、Slicer 4.11 をダウンロードして起動してみます。

3D Slicer の画面

  • Slicer の画面は、MRML(Medical Reality Modeling Language) ファイルで構成されており、そのさまざまな要素が Slicer に呼び込まれます。(体積的な形状、基準、変換形式 などなど)
  • これから使用する例 “Slicer4munite.mrml” では頭部のMRI scan と3D モデルが含まれています。
  • この画面とdataset がMRB(Medical Reality Bundle)fファイルに保管されています。
  • MRB file は圧縮ファイルの形式になっています。

なるほど、では、このファイルを読み込んでみましょう。

Slicer4minute.zip をダウンロードして展開すると、

確かに、mrb というファイルがあります。これをおそらく読み込むのでしょう。

ドラックドロップで読み込めるようです。

PDFの説明通り、頭部の画面とそのMRI スキャンの画像が表示されました。

3D 視点

つぎに、Models を選択するそうです。

次に赤いバーの左端っこにある pin アイコンをクリックしてメニュー画面を出します。

瞼が閉じた瞳のアイコンをクリックすると。

瞳が開き、投影面を表示させることができます。赤いバーは、現在MRの軸方向のスライスを表示することになっています。内部の構造モデルを透過させるには、PDFの説明バージョンが 4.10 なのでしょうが、現在の安定板は 4.11 とっているため、微妙に操作法が違います。

おそらくこの頭部の頭骨モデルが、skull_born.vtk モデルなのでしょう。次の説明には、3D Viewer にマウスのポインターを持っていき、左クックをしてつかみ、回転させる、右クリックはズームインとズームアウトだそうです。右クリックして上下に移動すれば、ズームインとズームアウトですね。

解剖学的視点

直感的に、今度は、緑のバーの pin アイコンをクリックして瞼のアイコンを開けば、冠状面 での投影、黄色のバーなら、矢状面になると想像ができます。

3D視点

PDF の説明では、brain white matter (脳の白質)モデルを見るために、骨格モデルの表示をやめるとありますが、skull_born だけじゃなくて、skin も閉じるのでしょうね、

これで、脳の白質と視神経が表示されていることになります。

脳の白質が邪魔で視神経だけ見たいので、冠状面の手前側だけ、脳の白質の表示を取り除きたいので、

最後の部分は、アニメーションによる軸回転です。

おそらく4分あれば確かに一連の動作はわかると思います。チュートリアルはほかにもあるそうなのでまずは、初めて触ってどんな動作をしているかを、分速チュートリアルで試してみました。



内田盛久

ジーデップ・アドバンス エンジニアリングフェロー 兼 ULGS株式会社代表
京都大学大学院工学研究科を経て20年以上HPCの仕事に携わり、国プロ絡みの大きな案件を多数経験。 HPCクラスターやGPUクラスターの構築、HPC系ジョブスケジューラーの運用に強いノウハウを持つ。 2021年からジーデップ・アドバンスにおけるUbuntuOSのサポートサービス「UGDEP」の提供を開始予定。

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